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工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计
造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。
对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成。
看图法。
即看图核实工程量与工程价款，审定工程造价的一种方法基建工程决算审计，首先必须认真仔细地看清所有的施工图纸，才能全面准确无误地计算审定工程造价的真实性。要求审计人员必须熟练掌握所有的建筑识图知识，不仅要看建筑施工图，而且要看结构施工图和竣工图；不仅要看水电平面图，而且要看水电系统图；不仅要将每一张图纸看懂吃透，而且要将所有的图纸综合分析。只有在认真看懂吃透图纸的基础上，才能发现问题、揭露问题。看图法是基建工程决算审计最基本、最普遍、最常用的方法，它贯穿基建工程决算审计的始终。
询问法。
它是指审计人员通过询问被审计单位参与基建项目管理的负责人、当事人、知情人或施工单位施工员、预算员、知情者，以证实基建工程量与工程价款的真实性、合理性的一种方法。审计人员通过询问获得的审计线索有可能引出有力的审计证据，揭露事实的真相。所以询问法也是基建工程决算审计最直接、最常用的一种有效的方法。
对比审计法。是指用已经审计的工程造价同拟审类似工程进行对比审计的方法。这种方法一般应根据工程的不同条件和特点区别对待。一是两工程采用同一个施工图，但基础部分和现场条件及变更不尽相同。其拟审计工程基础以上部分可采用对比审计法;不同部分可分别计算或采用相应的审计方法进行审计。二是两个工程设计相同，但建筑面积不同。可根据两个工程建筑面积之比与两个工程分部分项工程量之比例基本一致的特点，将两个工程每平方米建筑面积造价以及每平方米建筑面积的各分部分项工程量进行对比审查。如果基本相同时，说明拟审计工程造价是正确的，或拟审计的分部分项工程量是正确的。反之，说明拟审造价存在问题，应找出差错原因，加以更正。三是拟审工程与已审工程的面积相同，但设计图纸不完全相同时，可把相同部分，如厂房中的柱子、房架、屋面、砖墙等进行工程量的对比审计，不能对比的分部分项工程按图纸或签证计算。