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工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计
造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。
对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成。
调查法。
它是指审计人员深入实际进行调查研究，以查证基建工程量与工程价款的真实性、合理性的一种方法。如对水电主材价格进行市场调查分析，对基建工程量进行调查走访等。调查法是基建工程决算审计一种切实可行的有效方法。如审计人员某年对某单位一建筑基建工程决算进行审计，运用调查法核减隐蔽工程造价与水电主材造价合计18万余元。
测量法。
即审计人员深入建筑现场，对照施工图纸，实地测量有关工程量（如门窗洞口的大小、建筑物的长宽高等），计量有关器材物质数量（如配电箱数量、灯具数量、水暖器材的数量等），确定核实基建工程决算工程量与造价真实性、合理性的一种审计方法。
核对法。
指在基建工程决算审计中用一种记录或资料同另一种记录或资料进行查对，用相互验证和复核的手段，验证基建工程决算工程量与造价真实性、合理性的一种审计技术方法。如2002年我们对某单位一基建项目进行审计，利用被审计单位所提供的隐蔽工程签证单与施工单位所提供的施工日志相核对，查出该基建工程决算重复签证与乱签证、多计隐蔽工程造价。