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工程审计是指审计机构依据国家的法令和财务制度、企业的经营方针、管理标准和规章制度，对工程项目的工作，用科学的方法和程序进行审核检查，判断其是否合法、合理和有效，以及发现错误、纠正弊端、防止舞弊、改善管理，保证工程项目目标顺利实现的活动。工程审计独立于项目组织之外，审计人员与项目组织无任何直接的行政或经济关系。
工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计
造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。
对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成。
调查法。
它是指审计人员深入实际进行调查研究，以查证基建工程量与工程价款的真实性、合理性的一种方法。如对水电主材价格进行市场调查分析，对基建工程量进行调查走访等。调查法是基建工程决算审计一种切实可行的有效方法。如审计人员某年对某单位一建筑基建工程决算进行审计，运用调查法核减隐蔽工程造价与水电主材造价合计18万余元。
分组计算审计法。把分项工程划分为若干组，并把相邻且有一定内在联系的项目编为一组，审计计算同一组中某个分项工程量，利用工程量间具有相同或相似计算基础的关系，再判断同组中其他几个分项工程量。这是一种加快工程量审计速度的方法。